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Java Update 1.4.2 Update 1
QuickTime 7.5.5 for Tiger

これをMac OSX 10.4.11にアップデートしたら
デスクトップのアイコンや上のツール全体が2分間隔ぐらいで
一瞬消える状態がになりました。

このような症状を「Mac デスクトップ 一瞬 消える」で検索したところ
似たような減少を起こっているようです。

で

僕は直りました。

やったのが

システムを終了して起動時に(option＋⌘＋P＋R)、ブゥォ〜ンを3回ぐらい聞く
デスクトップの壁紙をノーマルに
アカウントのピクチャーを変更

で、多分ここが重要かも

上のツールから「Dropbox」を終了して、Dropboxを AppZapper で削除(アンインストール？)

再起動

です。

今回のアップデートで「Dropbox」とあたっておかしくなるみたいです。
かなりビビりましたが、僕はとりあえず直りました。

同じ現象が出た方はご参考までにどうぞ。